Este "problema" está apenas no InnoDB .

É por design e destina-se a melhorar a simultaneidade:outro thread pode usar um AUTO_INCREMENT sem ter que esperar pelos resultados de um UPSERT Operação.

Dos documentos :

MyISAM não exibe esse comportamento, pois é AUTO_INCREMENT algoritmo é implementado de forma diferente (devido à sua capacidade limitada de suportar DML concorrente ).