Eu diria que apenas construa você mesmo. Você pode configurá-lo assim:
$query = "INSERT INTO x (a,b,c) VALUES ";
foreach ($arr as $item) {
$query .= "('".$item[0]."','".$item[1]."','".$item[2]."'),";
}
$query = rtrim($query,",");//remove the extra comma
//execute query
Não se esqueça de escapar das aspas se for necessário.
Além disso, tome cuidado para que não haja muitos dados sendo enviados de uma só vez. Você pode ter que executá-lo em pedaços em vez de tudo de uma vez.
