Você pode habilitar o log no URL JDBC assim:
jdbc:mysql://host/db?logger=com.mysql.jdbc.log.Log4JLogger&profileSQL=true
Outros back-ends de log estão disponíveis (CommonsLogger, Slf4jLogger, JDK14Logger). Acredito que o log direto do Log4J foi descartado em algum momento devido a problemas de licenciamento, portanto, pode não funcionar com sua versão do driver JDBC.
Naturalmente, você precisará do JAR da biblioteca de log relevante em seu caminho de classe e de um arquivo de configuração (log4j.properties). Eu definiria o nível raiz para TRACE primeiro para ver o que está acontecendo e o ajustaria por nível de log e categoria assim que você ver o que está sendo registrado.
Leitura adicional:
- https:// dev.mysql.com/doc/connector-j/en/connector-j-reference-configuration-properties.html
- http://docs.oracle.com/cd/E17952_01/mysql-monitor-2.3-en/mem-qanal-using-cj.html
HTH
