Habilitar o log de consultas lentas não tem nada a ver com a versão do PHP. Você tem que habilitá-lo no servidor MySQL. Você pode habilitar de duas maneiras
- Em tempo de execução
- Durante a inicialização do servidor
Se o seu servidor estiver acima de 5.1.6, você pode definir o log de consultas lentas no próprio tempo de execução. Para o qual você deve executar essas consultas.
set global log_slow_queries = 1;
set global slow_query_log_file = <some file name>;
Ou, alternativamente, você pode definir essas opções nos arquivos de opção my.cnf/my.ini
log_slow_queries = 1;
slow_query_log_file = <some file name>;
Onde o arquivo de opções é alterado, o servidor MySQL precisa ser reiniciado.
A localização do arquivo de opções mysql pode ser encontrada aqui http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/en/mysql-config-wizard-file-location.html
FYI:
log_slow_queries foi removido no MySQL 5.6.1 e no slow_query_log é usado em vez disso.http:/ /dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/server-options.html#option_mysqld_log-slow-queries
Mas para desempenho você pode definir a saída do log (opção
log_output ) para TABLE .Você também pode dar uma olhada em outras opções de log de consultas lentas como long_query_time , log-queries-not-using-indexes 
