Use um multipart/form-data formulário com input type="file" em HTML/JSP para poder selecionar um arquivo e carregá-lo. Use Apache Commons FileUpload no Servlet para poder analisar o corpo da solicitação e obter os arquivos carregados. Veja também:Como fazer upload de arquivos em JSP/Servlet?

Use java.util.ZipInputStream para ler um arquivo zip e extrair as entradas zip. Consulte também:Como compactar e descompactar arquivos em Java .

Dois caminhos:

1. 
   Coloque o CSV em algum lugar no sistema de arquivos do disco local onde o MySQL tenha acesso e instrua-o a importá-lo usando um LOAD DATA INFILE inquerir.
   
2. 
   Use um analisador CSV existente ou criar um para analisar um CSV em uma coleção utilizável de objetos Java, por exemplo List<List<String>> . Então aprenda JDBC e use PreparedStatement para criar, preencher e executar um INSERT consulta em lotes. Veja também este mini tutorial sobre MySQL e JDBC .