A ordem é assim:

• Navegador - enviar solicitação
• Servidor - executa script PHP
• Servidor - enviar saída para o navegador
• Navegador - leia a saída e execute JavaScript

Aqui está um exemplo:

• Navegador:solicitando página /index.php
• 
  Servidor:execute o arquivo index.php no servidor
  
  <?php echo "Hello, world!;"; ?> <script>alert("hello!")</script>
  
• 
  Servidor:responda a saída
  
• Navegador:analisa a saída
• Navegador:<script> detectado, alert("hello!")