Os sistemas de gerenciamento de banco de dados (DBMS) existem porque não é tão fácil quanto parece armazenar e acessar dados da maneira correta.

Armazenar dados em um arquivo implica em problemas de simultaneidade de acesso. Quando o arquivo crescer, você terá que enfrentar um uso importante de memória ou escrever muito código para carregar exatamente o que você precisa. Também será muito difícil fazer operações básicas como filtragem (SQL WHERE cláusula) ou atualizando uma linha. BTW, alterar a estrutura de dados promete ser propenso a erros. Em palavras mais simples:você terá que escrever muito código e enfrentar muitos bugs.

IMO, não usar nenhum tipo de DBMS é recriar a roda. No entanto, escolher o caminho certo é importante.