Provavelmente foi uma corrupção dos dados do InnoDB. Eu adicionei
innodb_force_recovery = 2
para my.ini, reiniciei o banco de dados e consegui despejar todos os dados e recuperá-los.
Esteja ciente de usar isso, leia a documentação antes: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html
