Você pode fazer algum tipo de sincronização de dados usando gatilhos (se sua versão do mysql os suportar). Eles permitem que você execute pequenos trechos de SQL em determinados pontos, como depois que os dados são inseridos ou excluídos de uma tabela.
Por exemplo...
create trigger TRIGGER_NAME after insert on INNODB_TABLE
insert into MYISAM_TABLE select * from INNODB_TABLE
where id = last_insert_id();
... Sempre que os dados são inseridos na tabela INNODB, os mesmos dados são inseridos automaticamente na tabela MYISAM.
