você só pode ter 1 chave primária, mas:

• você pode combinar mais de uma coluna para ser a chave primária (talvez seja isso que você viu)
• a chave primária não precisa ser um incremento automático, ela só precisa ser exclusiva
• você pode adicionar mais de um índice a uma ou mais colunas para acelerar instruções SELECT (mas diminuir INSERT / UPDATE)
• esses índices podem ser marcados como únicos, o que significa que eles não permitem que você insira uma segunda linha com o mesmo conteúdo nos campos de índice (como uma chave primária)