Tente substituir ',' por '.' ao carregar.
Por exemplo -
LOAD DATA INFILE 'file.csv' INTO TABLE dados_meteo
(@var1, @var2)
SET column1 = REPLACE(@var1, ',', '.'), column2 = REPLACE(@var2, ',', '.')
LOAD DATA INFILE 'file.csv' INTO TABLE dados_meteo
(@var1, @var2)
SET column1 = REPLACE(@var1, ',', '.'), column2 = REPLACE(@var2, ',', '.')
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