Tarde demais, mas espero que possa ajudar alguém.

Só hoje eu caio em uma situação parecida (mas em outro contexto, eu estava tentando criar entidades a partir do db).

Resolvi simplesmente modificando o database_host de "localhost" para "127.0.0.1" no arquivo parameters.ini.

Eu acho que minha instância do Mysql está rodando apenas via TCP e não socket e porque isso quando usa database_host="localhost" ele falha.