O erro significa que você está tentando ordenar por um nome de coluna usado em mais de uma tabela. Atualize seu
order_by
instrução com o nome da tabela que possui a coluna pela qual você deseja ordenar. Por exemplo:$this->db->order_by('atoms.id');
order_by
instrução com o nome da tabela que possui a coluna pela qual você deseja ordenar. Por exemplo:$this->db->order_by('atoms.id');