mysql_query() não faz parte do PDO, portanto, as DLLs que você está verificando (que são dll do PDO para suporte ao MySQL) não são as que você deve verificar. Você deseja verificar php_mysql.dll (.so em servidores linux).

Mas o PDO é definitivamente o caminho certo para acessar o MySQL. É muito melhor do que usar mysql_query().

Leia mais aqui, na página PDO do PHP .