Como mostrado neste tutorial, durante o desenvolvimento você deve usar o driver mysql normal e apenas o appengine usar o driver mysql do Google
if (SystemProperty.environment.value() ==
SystemProperty.Environment.Value.Production) {
// Load the class that provides the new "jdbc:google:mysql://" prefix.
Class.forName("com.mysql.jdbc.GoogleDriver");
url = "jdbc:google:mysql://your-project-id:your-instance-name/guestbook?user=root";
} else {
// Local MySQL instance to use during development.
Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
url = "jdbc:mysql://127.0.0.1:3306/guestbook?user=root";
}
Verifique também se você ativou o MySQL Connector/J para seu aplicativo (não é feito por padrão)
https://developers.google.com/appengine/docs/ java/cloud-sql/#enable_connector_j
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<appengine-web-app xmlns="http://appengine.google.com/ns/1.0">
...
<use-google-connector-j>true</use-google-connector-j>
</appengine-web-app>
