Isso me incomodou, então hoje eu criei essas tabelas e executei com sucesso esta:
UPDATE target
LEFT JOIN source ON( target.artnr = source.artnr COLLATE latin1_swedish_ci )
SET target.barcode = source.barcode
UPDATE target
LEFT JOIN source ON( target.artnr = source.artnr COLLATE latin1_swedish_ci )
SET target.barcode = source.barcode