A maneira como os procedimentos armazenados funcionam com instruções preparadas é um pouco mais complicada. manual do PHP afirma que você tem que usar variáveis de sessão (sessões MySQL, não PHP)
Então você poderia fazer isso com
$connect=&ConnectDB();
// bind the first parameter to the session variable @uid
$stmt = $connect->prepare('SET @uid := ?');
$stmt->bind_param('s', $uid);
$stmt->execute();
// bind the second parameter to the session variable @userCount
$stmt = $connect->prepare('SET @userCount := ?');
$stmt->bind_param('i', $userCount);
$stmt->execute();
// execute the stored Procedure
$result = $connect->query('call IsUserPresent(@uid, @userCount)');
// getting the value of the OUT parameter
$r = $connect->query('SELECT @userCount as userCount');
$row = $r->fetch_assoc();
$toRet = ($row['userCount'] != 0);
Observação:
Eu recomendo reescrever este procedimento como uma função com um parâmetro IN que retorna INT.