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Como uso corretamente o PHP para codificar o objeto MySQL em JSON?

$data = array();

while ( $row = $result->fetch_assoc() ){
    $data[] = json_encode($row);
}
echo json_encode( $data );

Isso deve servir. Além disso, você pode usar http://jsonlint.com/ para ver quais são os problemas com sua saída JSON.

Atualização: usando fetch_all() pode ser uma boa ideia também 
$data = $result->fetch_all( MYSQLI_ASSOC );
echo json_encode( $data );