Você pode deslocar o campo de incremento automático de uma tabela do outro, ou seja, uma tabela inicia ids de 1 enquanto a outra começa de 1000000 (ou algum outro valor escolhido dependendo do seu padrão de uso).
CREATE TABLE table1 (id BIGINT UNSIGNED AUTO_INCREMENT);
CREATE TABLE table2 (id BIGINT UNSIGNED AUTO_INCREMENT) AUTO_INCREMENT = 1000000;
Você também pode escolher o tipo de coluna de incremento automático de acordo com suas necessidades. O intervalo de BIGINT UNSIGNED é 0..18446744073709551615, que deve cobrir a maioria dos casos.
OU
experimentar
SET @@auto_increment_increment=2;
SET @@auto_increment_offset=2;
