Timestamp é um tipo de dados e uma função embutida no MySQL. O que você está tentando alcançar com a seguinte declaração? SET timestamp=1273826821;
UPD :Desculpe, eu não sabia sobre os hacks MySQL usados.
Parece que
SET TIMESTAMP é usado como um solução para excluir algumas consultas do log lento
. O OP está usando o Microslow patch para aprimorar as informações de estatísticas no log de consulta lenta, e a instrução é comum antes das instruções nas tabelas do InnoDB.
Assim, a resposta para a pergunta do OP é que o
COMMIT instrução é a consulta lenta e não o SET TIMESTAMP . 
