Isso parece um pouco hackish, mas funcionará para datas entre ~ 1970 e 2030 (no arco de 32 bits). Você está basicamente convertendo os valores de data e hora para inteiro, calculando a média deles e convertendo a média de volta em um valor de data e hora.
SELECT
from_unixtime(
avg(
unix_timestamp(date_one)-unix_timestamp(date_two)
)
)
FROM
some_table
WHERE
some-restriction-applies
Provavelmente há uma solução melhor por aí, mas isso o ajudará em uma pitada.
