Não consegui resolver, então acabei de criar uma Função chamada "TruncateTime" no banco de dados.
Create FUNCTION TruncateTime(dateValue DateTime) RETURNS date
return Date(dateValue);
E funciona, mas eu não gosto.
Essas pessoas fizeram coisas semelhantes:
Alternativa para EntityFunctions.AddSeconds para MySQL
CurrentUtcDateTime não existe - Entity Framework e MySql
Então agora acho que isso pode ser desnecessário e posso chamá-lo diretamente do banco de dados e ainda obter entidades, algo assim:
var x = db.ExecuteStoreQuery<Measurement>(@"SELECT field1,field2
FROM Measurements
WHERE Date(InDate) = {0}", DDate);
E isso é tudo.