Existem mais opções do que apenas as duas que você mencionou. Existem:

• Lista de adjacências (a "parent_id" que quase todo mundo usa)
• Conjuntos aninhados
• Enumeração de caminho
• Tabela de fechamento (também conhecida como Relação de Adjacência)

Veja minha resposta para "Qual ​​é a maneira mais eficiente/elegante de transformar uma tabela plana em uma árvore? "

Ou alguns livros:

• "Árvores e hierarquias no SQL para Smarties " por Joe Celko.
• "Padrões de design SQL " por Vadim Tropashko.