Você precisa editar seu
my.cnf
arquivo e certifique-se de ter a porta definida como na linha a seguir:port = 3360
Em seguida, reinicie seu serviço MySQL e você deve estar pronto. Não há nenhuma consulta que você possa executar para fazer essa alteração porque a
port
não é uma variável dinâmica (q.v. aqui para documentação do MySQL
mostrando uma tabela de todas as variáveis do sistema).