Um banco de dados é representado por um diretório sob o diretório de dados (geralmente /var/lib/mysql ), e o diretório é destinado ao armazenamento de dados da tabela.

O DROP DATABASE A instrução removerá todos os arquivos de tabela e, em seguida, removerá o diretório que representava o banco de dados. No entanto, ele não removerá arquivos que não sejam de tabela, tornando impossível remover o diretório.

MySQL exibe uma mensagem de erro quando não pode remover o diretório

você pode realmente descartar o banco de dados manualmente removendo todos os arquivos restantes no diretório do banco de dados e, em seguida, o próprio diretório.