Você pode gerar uma declaração como esta:
DROP TABLE t1, t2, t3, ...
e, em seguida, use instruções preparadas para executá-lo:SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;
SET @tables = NULL;
SELECT GROUP_CONCAT('`', table_schema, '`.`', table_name, '`') INTO @tables
FROM information_schema.tables
WHERE table_schema = 'database_name'; -- specify DB name here.
SET @tables = CONCAT('DROP TABLE ', @tables);
PREPARE stmt FROM @tables;
EXECUTE stmt;
DEALLOCATE PREPARE stmt;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;