O phpMyAdmin oferece a criação dessas tabelas para você armazenar informações de configuração para funcionalidades avançadas do programa. As tabelas são opcionais. Normalmente eles são colocados no banco de dados 'phpmyadmin', mas no caso de você não ter permissão para criar um novo banco de dados, as tabelas podem ser colocadas no banco de dados ao qual você tem acesso. Com base em seus comentários, isso parece ser o que aconteceu aqui.
Você pode removê-los através de qualquer um dos meios usuais para remover uma tabela - de cada tabela em si vá para a guia Operations e clique no link "Delete the table (DROP)" ou vá para a guia Structure do banco de dados, selecione aqueles que comece com 'pma__' e escolha 'Soltar' na caixa suspensa "Com selecionado:".
Há uma chance de você encontrar um erro causado por ele tentar gravar na tabela de histórico depois de removê-la; nesse caso, sair e fazer login novamente deve limpar o erro para você.
Para responder suas outras perguntas:
Isso afeta outras tabelas?
Não, a operação de cada tabela é bastante independente uma da outra.
Para que serve esta mesa?
Vários recursos do phpMyAdmin, como um editor gráfico de relação de tabelas, histórico de consultas e favoritos e preferências do usuário.
Como posso desabilitar completamente os recursos avançados no phpMyAdmin e remover essas tabelas pma?
Basta remover as tabelas. Para remover completamente qualquer aviso sobre as tabelas ausentes, você pode editar o arquivo
config.inc.php arquivo a ser adicionado $cfg['PmaNoRelation_DisableWarning'] = true; e para desabilitar a possibilidade de criá-los automaticamente adicione $cfg['ZeroConf'] = false; 
