O repositório oficial do PHP tem um script chamadodocker-php-ext-install
https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
Você esqueceu de instalar a extensão necessária para executar o PDO.
Tente criar uma imagem docker como esta:
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql