Novas versões do MySQL WorkBench têm a opção de alterar tempos limite específicos.

Para mim, estava em Editar → Preferências → Editor SQL → tempo limite de leitura da conexão DBMS (em segundos):600

Alterado o valor para 6000.

Também linhas de limite desmarcadas, pois colocar um limite toda vez que quero pesquisar todo o conjunto de dados fica cansativo.