Os documentos do mysql têm uma página inteira dedicada a este erro:http ://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/gone-away.html

de nota são

• 
  Você também pode obter esses erros se enviar uma consulta ao servidor incorreta ou muito grande. Se o mysqld recebe um pacote muito grande ou fora de ordem, ele assume que algo deu errado com o cliente e fecha a conexão. Se você precisar de grandes consultas (por exemplo, se estiver trabalhando com grandes colunas BLOB), poderá aumentar o limite de consultas definindo a variável max_allowed_packet do servidor, que tem um valor padrão de 1 MB. Você também pode precisar aumentar o tamanho máximo do pacote na extremidade do cliente. Mais informações sobre a configuração do tamanho do pacote são fornecidas na Seção B.5.2.10, “Pacote muito grande”.
  
• 
  Você pode obter mais informações sobre as conexões perdidas iniciando o mysqld com a opção --log-warnings=2. Isso registra alguns dos erros desconectados no arquivo hostname.err