Por favor, faça isso:
1- Instale o novo servidor mySQL primeiro.
2- Crie um novo banco de dados
3- Configure as configurações do django assim:
DATABASES = {
'default': {
'ENGINE': 'django.db.backends.mysql',
'NAME': 'db_name',
'USER': 'root',
'PASSWORD': 'db_pass',
'HOST': 'localhost', # Or an IP Address that your DB is hosted on
'PORT': '3306',
'OPTIONS': {"init_command": "SET storage_engine=MyISAM"},
}
4- Execute novamente o syncdb
5- Execute novamente a migração
Espero que isso funcione
