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SQLAlchemy:Perda de conexão com o servidor MySQL durante a consulta


Acabou sendo um problema com o tcp_connect_timeout entre o servidor de aplicativos e o servidor de banco de dados. O tempo limite de conexão do tcp era padrão de 1 hora e minhas configurações de reciclagem do pool eram de 3 horas. Então, qualquer coisa entre 1 e 3 estava falhando. Postando a resposta para ajudar outras pessoas que possam enfrentar isso mais tarde.