Use uma coleção em vez de uma matriz (
Set<String> ) e certifique-se de que não esteja vazio (caso contrário, a consulta será inválida. Além disso, não há motivo para usar uma consulta nativa para isso e você não deve ter parênteses em torno do parâmetro:
@Query("SELECT l1 FROM Location l1 WHERE l1.node.id IN :ids")
List<Location> findLocationsByNodeIds(@Param("ids") Set<String> ids);
