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Armazenando valores de array para inteiro


42703 significa undefined_column - isso acontece porque você usa aspas duplas em torno de "$2","$3" e aspas duplas estão identificando objetos db (nesta parte da consulta - colunas). Remova-os para serem:
db.query('INSERT INTO users(name,student_id) VALUES($1,ARRAY[$2,$3]::INTEGER[]) RETURNING *', [data.name, data.id])
.then(function(user) { })
.catch(function(err) {
    return callback(null, err);
})