Graças ao comentário gentil do @JBNizet, descobri que o problema não estava em comportamentos estranhos de UUID, mas que o Hibernate não escapa de identificadores por padrão.

Na verdade, existem três soluções fáceis para a pergunta:

1. 
   Não use palavras-chave reservadas, altere o nome da tabela para outra coisa.
   
2. 
   Escape manual do nome da tabela (como @Table(name = "\"user\"") em HUser.java).
   
3. 
   Adicionar linha hibernate.globally_quoted_identifiers=true para sua configuração. Eu me pergunto por que não é true por padrão... Veja este para mais detalhes.