Adicionei suporte para codificações não UTF8 ao Npgsql. Isso realmente deve ser usado apenas em casos especiais como este, onde o banco de dados foi criado com SQL_ASCII, contém caracteres não ASCII e uma alteração de codificação é impossível.
Transferi esse suporte para a próxima versão de patch, 3.1.8 (parece bastante inofensivo). Há alguns problemas com o servidor de compilação no momento, mas se você esperar alguns dias, deverá ter um pacote CI de 3.1.8 disponível com o novo suporte em http://myget.org/gallery/npgsql . Siga https://github.com/npgsql/npgsql/issues/392 para mais atualizações/progresso.