Você precisa definir a propriedade 'liquibase.contexts' em seu arquivo yaml. Algo como abaixo.
spring:
profiles: dev
datasource:
url: jdbc:postgresql://localhost:5432/dev
username: postgres
password: password
driver-class-name: org.postgresql.Driver
liquibase:
contexts: dev
Depois de adicionar isso, o conjunto de alterações abaixo será executado apenas quando seu perfil local for 'dev' (ou seja, spring-boot:run -Dspring.profiles.active=dev)
<changeSet id="20161016_my_first_change2" author="krudland" context="dev">
<sql>
insert into customer (firstname, lastname) values ('Franklin','Ike');
</sql>
<rollback>
delete from customer where firstname = 'Franklin' and lastname = 'Ike';
</rollback>
</changeSet>