Nas declarações acima você não está usando os índices.
Você poderia fazer algo como:
SELECT * FROM tableA a
FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID
Você poderia então usar a mesma instrução para mostrar quais tabelas tinham valores ausentes
SELECT * FROM tableA a
FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID
WHERE ISNULL(a.someID) OR ISNULL(b.someID)
Isso deve fornecer as linhas que estavam faltando na tabela A OU na tabela B
