Publiquei o problema no gitlab, o que me ajudou a corrigi-lo.https:/ /gitlab.com/gitlab-org/omnibus-gitlab/issues/277

Caso alguém mais tenha esse problema ou se depare com isso, estou postando um rápido resumo de como corrigi-lo. No meu caso, estava faltando algumas relações de banco de dados. Então você pode verificar isso executando sudo gitlab-rake db:migrate:status Se algum deles disser para baixo, então eles não foram aplicados.

Você pode tentar corrigir isso executando sudo gitlab-ctl reconfigure no meu caso não resolveu o problema. Eu tive que dizer manualmente para executar as migrações de banco de dados com o seguinte comandosudo gitlab-rake db:migrate

Depois disso, quando executei sudo gitlab-rake db:migrate:status eles estavam todos no ar e não tenho mais 500 erros ao usar o site.