Que tal fazer desta forma?

(Ignore esta etapa se você já tiver o arquivo de migração pronto)

Ele criará migrações para esse pacote, digamos, com um nome como 0001_initial.py

Edite o arquivo manualmente para que você exclua todos os modelos de lá, exceto o que já foi criado no banco de dados.

Agora você faz uma migração falsa. Isso sincronizará seu banco de dados com os modelos.

Em seguida, execute makemigrations novamente para que o restante das tabelas seja criado junto com um novo arquivo de migração.

Em relação à sua outra pergunta, por que a makemigrations não reconheceu seus modelos pode ser por motivos como:

1. As migrações para essas alterações já estão em algum arquivo de migração.
2. Você esqueceu de mencionar package_name em INSTALLED_APPS, mas acredito que tenha feito isso aqui.