Postgresql:Consulta retornando dados incorretos

Seu WHERE cláusula seleciona linhas onde empgroupid é 500 ou 501, não empid s onde todos os empgroupid s formam a matriz [500, 501] .

Você pode usar um ARRAY_AGG no HAVING cláusula:

SELECT empid 
FROM empgroupinfo 
GROUP BY empid
-- ORDER BY clause here is important, as array equality checks elements position by position, not just 'same elements as'
HAVING ARRAY_AGG(DISTINCT empgroupid ORDER BY empgroupid) = ARRAY[500, 501]

Dependendo de onde o [500, 501] array vem, você pode não saber se ele está ordenado ou não. Nesse caso, um "contém AND está contido por" (operadores @> e <@ ) deve funcionar também.

#= CREATE TABLE empgroupinfo (empid int, empgroupid int);
CREATE TABLE
Time: 10,765 ms

#= INSERT INTO empgroupinfo VALUES (1, 500), (1, 501), (2, 500), (2, 501), (2, 502);
INSERT 0 5
Time: 1,451 ms

#= SELECT empid 
   FROM empgroupinfo 
   GROUP BY empid
   HAVING ARRAY_AGG(empgroupid ORDER BY empgroupid) = ARRAY[500, 501];
┌───────┐
│ empid │
├───────┤
│     1 │
└───────┘
(1 row)

Time: 0,468 ms