O PostgreSQL exige que os nomes das tabelas/colunas em maiúsculas sejam citados (referência ). É por isso que os identificadores no SQL construídos pelo SQLalchemy são citados. Para evitar isso, converta os nomes das colunas do dataframe para todas as letras minúsculas:
with open(join(dataPath, file), 'rb') as f:
data = xport.to_dataframe(f)
data.columns = map(str.lower, data.columns)
data.to_sql(name.lower(), engine, schema='y2007')