Esta postagem me apontou na direção certa. A documentação para
extras.execute_values
também contém um ótimo exemplo usando o UPDATE
cláusula. c = db.cursor()
update_query = """UPDATE my_table AS t
SET name = e.name
FROM (VALUES %s) AS e(name, id)
WHERE e.id = t.id;"""
psycopg2.extras.execute_values (
c, update_query, new_values, template=None, page_size=100
)