Erro de entrada da cláusula FROM ausente no Postgres na consulta com cláusula WITH

Do manual fino:

Existem duas maneiras de modificar uma tabela usando informações contidas em outras tabelas no banco de dados:usando sub-seleções ou especificando tabelas adicionais no FROM cláusula.

Então você só precisa de uma cláusula FROM:

WITH stops AS (
    -- ...
)
UPDATE consistent.master
SET arrest_id = stops.stop
FROM stops -- <----------------------------- You missed this
WHERE citing_jurisdiction=1
  AND stops.citation_id = consistent.master.citation_id;

A mensagem de erro ainda diz o mesmo:

ERRO:falta entrada da cláusula FROM para a tabela "stops"