Eu uso JPA 2.1 com Hibernate 4.3 e PostgreSQL 9.3. Não tenho problemas com índices
hibernate-commons-annotations-4.0.4.Final.jar
hibernate-core-4.3.1.Final.jar
hibernate-jpa-2.1-api-1.0.0.Final.jar
jandex-1.1.0.Final.jar
javassist-3.18.1-GA.jar
jboss-transaction-api_1.2_spec-1.0.0.Final.jar
Embora minha configuração tenha
<property name="hibernate.hbm2ddl.auto" value="update"/>
E esse é o meu mapeamento de entidade
import javax.persistence.Entity;
import javax.persistence.Index;
import javax.persistence.Table;
@Entity
@Table(name = "users", indexes = {
@Index(columnList = "id", name = "user_id_hidx"),
@Index(columnList = "current_city", name = "cbplayer_current_city_hidx")
})
PS. Na verdade, eu tenho alguns problemas com essas anotações. Não posso especificar tablespace para índice e devo criar indecies para subclasses na classe pai para hierarquia SINGLE_TABLE.