Faça um dump do banco de dados e controle a versão em vez disso. Desta forma, é um arquivo de texto simples.

Pessoalmente, sugiro que você mantenha um despejo de dados e um despejo de esquema. Dessa forma, usando diff, fica bastante fácil ver o que mudou no esquema de revisão para revisão.

Se você estiver fazendo grandes mudanças, você deve ter um banco de dados secundário no qual você faz as novas alterações de esquema e não tocar no antigo, pois, como você disse, está fazendo uma ramificação.