SSMS
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O tempo de execução do LINQ to SQL é 50x maior que o SSMS SQL


Compare as opções SET para SSMS e suas sessões LINQ:
SELECT * FROM sys.dm_exec_sessions
WHERE session_id in (@@SPID, @LINQSESS)

(substitua @LINQSESS pelo seu ID de sessão Linq)

ARITHABORT é muitas vezes o culpado, veja se isso resolve seu problema:
new SqlCommand("SET ARITHABORT ON", connection).ExecuteNonQuery();