Compare as opções SET para SSMS e suas sessões LINQ:
SELECT * FROM sys.dm_exec_sessions
WHERE session_id in (@@SPID, @LINQSESS)
(substitua @LINQSESS pelo seu ID de sessão Linq)
ARITHABORT é muitas vezes o culpado, veja se isso resolve seu problema:
new SqlCommand("SET ARITHABORT ON", connection).ExecuteNonQuery();