Supondo que você esteja falando sobre diferenças nas ferramentas do cliente e não no mecanismo de banco de dados, as únicas diferenças que encontrei até agora são a falta de relatórios e o criador de perfil. Na versão completa, na árvore de objetos, você pode clicar com o botão direito do mouse e selecionar um conjunto de relatórios padrão. Na versão Express, essa opção de menu está ausente. A versão expressa não instala o criador de perfil.