Você pode fazer isso com uma atualização simples:
UPDATE your_table SET password_col = ENCRYPT(password_col,'some salt')
Ou, se você estiver usando LOAD DATA INFILE para preencher a tabela, você pode criptografar as senhas então:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv' INTO TABLE your_table
(col1,...,@password,...,coln)
set password_col = ENCRYPT(@password,'some salt')
