Não é uma pergunta boba, o phpMyAdmin costumava incluir as KEYs no final da instrução CREATE TABLE e suas características ao lado da declaração do nome da coluna. Seguindo o registro de alterações de 2014 , após a versão 4.2.0.0 (2014-05-08) a estrutura do arquivo de exportação foi alterada:

• rfe #1004 Criar índices no final da exportação SQL

Portanto, devemos procurar no final do arquivo exportado para encontrar todas as informações dos índices